いいと思っていた会社と合わなくなった。支払い済みの契約金はどうなるの？

すでに支払済みの契約金の取り扱いについては、契約書の内容を前提に決定されますので一概にはお答えできません。

いいと思った会社と合わなくなったということですが、どのような経緯で気持ちが変わったのでしょうか？　契約した途端に営業マンの態度が変わり、信用できなくなったのでしょうか？
住まいづくりは一世一代の大仕事です。その始まりにイヤな気持ちを味わうことになったのだとしたら、お気の毒としか言いようがありません。
でも、考えようによっては早めに気付いてよかったのだと思います。工事がはじまってから業者変更するとなると、これは重大です。発注済の部材や設備機器など、たくさんのお金を損することにもなりかねません。
後になってからイヤな思いをしないためにも、業者選びは慎重に行うことが大切です。